Ελεύθερνα Τομέας IΙ (1985-) ​

Ο Τομέας ΙΙ της ανασκαφής εκτείνεται στα ψηλότερα τμήματα των δύο λόφων, Πυργί και Νησί, που δεσπόζουν του τοπογραφικού αναγλύφου της αρχαίας Ελεύθερνας.
Στόχος της έρευνας που διεξάγεται από το 1985, υπό την επίβλεψη του καθηγητή κλασικής αρχαιολογίας Θανάση Καλπαξή, είναι η διακρίβωση της λειτουργίας αυτών των χώρων στο πλαίσιο του οικιστικού ιστού της πόλης. 

Διαπιστώθηκε ότι ο λόφος Νησί χρησιμοποιήθηκε κατά κύριο λόγο ως τόπος κατοικίας από τους γεωμετρικούς τουλάχιστον και μέχρι τους ύστερους ελληνιστικούς χρόνους, οπότε και εγκαταλείπεται. Στη βόρειά του πλευρά, αλλά εκτός των ορίων του οικισμού, αποκαλύφθηκε ένας μεγάλος ορθογώνιος περίβολος κλασικής περιόδου με μνημειακό δωρικό πρόπυλο, ο οποίος περιβάλλει το χώρο πού κατελάμβανε κάποιο τοπικό ιερό, ενδεχομένως αυτό του Απόλλωνα Σασθραίου. Ο λόφος Πυργί, οχυρωμένος από τη φύση, χρησιμοποιήθηκε σχεδόν αδιάκοπα από την πρωτομινωϊκή έως και την ύστερη βυζαντινή περίοδο.

Ο αρχαϊκός ναός που αποκαλύφθηκε στο κεντρικό του πλάτωμα, κατάλοιπα άλλων κτιρίων δωρικού ρυθμού, μεγάλος αριθμός επιγραφών αρχαϊκής, κλασικής και ελληνιστικής περιόδου, αλλά και η ύπαρξη λατρευτικού κτιρίου παλαιοχριστιανικής εποχής, μαρτυρούν ότι αυτός ο λόφος λειτούργησε ως η κυρίως ακρόπολή της αρχαίας πόλης αν και μεγάλη έκτασή της, με την πάροδο του χρόνου και πιθανώς σε ιδιαίτερα ανήσυχες φάσεις της ιστορίας της πόλης, χρησίμευσε και ως τόπος κατοικίας.

Ο οχυρωματικός πύργος στη βόρεια πλευρά του υψώματος, ο οποίος έδωσε και το όνομα στο λόφο, κατασκευάστηκε, όπως και τα υπόλοιπα ορατά τμήματα της οχύρωσης καθώς και οι μεγάλες δεξαμενές στην δυτική πλαγιά, στα πρωτοβυζαντινά χρόνια.