Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών
Το Τμήμα δίνει ιδιαίτερη έμφαση στην ερευνητική ειδίκευση σε μεταπτυχιακό επίπεδο. Οι απόφοιτοί του έχουν τα ουσιαστικά και τυπικά εφόδια να ακολουθήσουν μεταπτυχιακές σπουδές. Το Τμήμα προσφέρει πέντε Προγράμματα Μεταπτυχιακών Σπουδών που οδηγούν στην απόκτηση μεταπτυχιακού διπλώματος ειδίκευσης, ενώ προσφέρει και πρόγραμμα διδακτορικών σπουδών στην Ιστορία, την Αρχαιολογία και την Ιστορία της Τέχνης.
Από το ακαδημαϊκό έτος 1993-94 έως και το ακαδημαϊκό έτος 2017-18 λειτούργησε το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Τουρκολογία.
Κατά τα ακαδημαϊκά έτη 1998-99 και 2002-03 λειτούργησε το Διατμηματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών Συστήματα πολιτισμικών πληροφοριών και διαχείρισης της πολιτιστικής κληρονομιάς στα Τμήματα Ιστορίας και Αρχαιολογίας και Επιστήμης Υπολογιστών του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Αρχαίος Μεσογειακός Κόσμος - Ιστορία και Αρχαιολογία
Το Π.Μ.Σ. Αρχαίος Μεσογειακός Κόσμος–Ιστορία και Αρχαιολογία (ΑΜΚΙΑ) συγκροτείται από τις τρεις επιμέρους αλλά συνεργαζόμενες αρχαιογνωστικές κατευθύνσεις της Aρχαίας Iστορίας, της Kλασικής Aρχαιολογίας και της Προϊστορικής Αρχαιολογίας – ιδίως στο πλαίσιο των πολιτισμών της πρώιμης προϊστορικής και πρωτοϊστορικής, και, κατόπιν, της ελληνικής και της ρωμαϊκής αρχαιότητας.
Βυζαντινές και Μεσαιωνικές Σπουδές
Το Π.Μ.Σ. στις Βυζαντινές και Μεσαιωνικές Σπουδές επιδιώκει να διευρύνει τις γνώσεις και να εμβαθύνει στη μελέτη της ιστορίας και του πολιτισμού του Μεσαιωνικού κόσμου, αφενός μεν του Βυζαντίου, αφετέρου δε της δυτικής Ευρώπης, με παράλληλη αναφορά, όταν κρίνεται εφικτό, τόσο στις περιοχές της βόρειας Βαλκανικής όσο και της ανατολικής Μεσογείου.
Διιδρυματικό Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Οθωμανική Ιστορία
Το Τµήµα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστηµίου Κρήτης και το Ινστιτούτο Μεσογειακών Σπουδών του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας λειτουργούν από κοινού Διιδρυματικό Πρόγραµµα Μεταπτυχιακών Σπουδών (Π.Μ.Σ.) στην Οθωμανική Ιστορία, σύμφωνα με την υπ’ αριθμ. 4948/26-04-2018 Κοινή Απόφαση του Πρύτανη του Πανεπιστημίου Κρήτης και του Προέδρου του Δ.Σ. του Ιδρύματος Τεχνολογίας και Έρευνας (Φ.Ε.Κ. 1993/Β/04-06-2018) και τις διατάξεις του Ν. 4485/2017 (Φ.Ε.Κ. 114/τ. Α΄/04.08.2017), όπως έχει τροποποιηθεί και ισχύει.
Σύγχρονη Ελληνική και Ευρωπαϊκή Ιστορία
Το Π.Μ.Σ. λειτουργεί με επιτυχία από το 1993 και πολλοί απόφοιτοί του, και αργότερα διδάκτορες του Τμήματος, απασχολούνται σήμερα ως πανεπιστημιακοί δάσκαλοι, ερευνητές και στελέχη Πολιτιστικών και Εκπαιδευτικών φορέων στην Ελλάδα και το εξωτερικό. Το επιστημονικό και ερευνητικό έργο των αποφοίτων μας, οι εκδοθείσες εκδοχές των μεταπτυχιακών εργασιών και των διδακτορικών διατριβών τους, έχει γίνει αντικείμενο ευνοϊκής υποδοχής από τους ομοτέχνους τους.
Ιστορία της Τέχνης
Η ανάπτυξη των σπουδών και της έρευνας στην Ιστορία της Τέχνης αποτέλεσε μια από τις επιστημονικές κατευθύνσεις στις οποίες έδωσε εξαρχής έμφαση το Τμήμα Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Κρήτης.
Το Πρόγραμμα Μεταπτυχιακών Σπουδών στην Ιστορία της Τέχνης άρχισε να λειτουργεί άτυπα από τον Σεπτέμβριο του 1992, με πρωτοβουλία του τότε καθηγητή ιστορίας της τέχνης και σήμερα ομότιμου καθηγητή Νίκου Χατζηνικολάου.